AİHM, gayrimüslim Türk azınlıklara ait vakıfların Türkiye aleyhine açtığı davalar ile ilgili ilk kararını açıkladı. Mahkeme, Fener Rum Erkek Lisesi Vakfı’nın 1997 yılında gayrimüslim Türk azınlıklara ait vakıfların mülk edinmeleriyle ilgili mevcut yasal düzenlemelerin, Lozan Antlaşması’yla kısıtlandığı, bunun da Avrupa İnsan Hakları Sözleşmesi’nin (AİHS) mülkiyet hakkı ve ayrımcılıkla ilgili maddelerine aykırı olduğunu gerekçesiyle yaptığı başvuruda, vakfın mülkiyet hakkının ihlal edildiğini hükmetti. AİHM, Vakfın, AİHS’nin ayırımcılığın yasaklanmasıyla ilgili 14. maddesinden yaptığı başvurunun incelemeye alınmasına gerek görmedi. Mahkeme, Vakfa ait iptal edilen tapuların tekrar Vakıf adına kaydedilmesini karara bağladı. Bu işlem gerekli kurumlar tarafından gerçekleştirilmezse, Türkiye’nin karar kesinleştikten sonra Fener Rum Erkek Lisesi Vakfı’na mahkeme masrafları da dahil 910 bin Avro tazminat ödemesine karar verildi.
Bilindiği gibi, 9. Reform Paketi kapsamında AİHM ve AB'nin eleştirileri dikkate alınarak yeni bir Vakıflar Yasası hazırlanmış; ancak, Anayasa’ya aykırı olduğu gerekçesiyle Cumhurbaşkanı tarafından veto edilmişti. AİHM tarafından açıklanan bu karar, mahkeme gündeminde bulunan çok sayıda benzer dava için örnek teşkil edecek olmasından dolayı önem taşıyor.