Romanya ve Bulgaristan’ın katılımıyla üye sayısı 27’ye ulaşan Birlik’te, Avrupa Komisyonu üyeleri arasında kurumsal reforma ilişkin görüş ayrılıkları ortaya çıktı. Komisyon’un Bölgesel Politikadan Sorumlu Üyesi Danuta Hübner, Başkan Yardımcısı ve Komisyon’un Sanayiden Sorumlu Üyesi Günter Verheugen’in küçük AB ülkelerinin daha az öneme sahip Komisyon temsilciliği yerine, Birliğin temel politika alanlarına bakan yardımcı Komisyon üyesi bulundurması önerisini eleştirdi. Hübner, 4 Ocak tarihinde Polonya basınına yaptığı açıklamada, Komisyon’daki sandalye sayısının üye ülkelerin büyüklüğü kriter alınarak düzenlenmesi önerisini kabul edilemez olarak nitelendirdi. Bununla birlikte Hübner, Verheugen’ın Komisyon Başkanının Avrupa Parlamentosu tarafından seçilmesi ve kendi kabinesini oluşturma önerisini destekledi.
Anayasal sürecin canlandırılmasının öncesinde yaşanan bu tartışmalar, aslında Komisyon’da her ülkenin bir sandalyeye sahip olmasını öngören mevcut sistemi hedef alıyor. Üye ülkeler hem prestij hem de bilgi akışı açısından Komisyon’da temsilci bulundurmak istiyor. Bilindiği gibi son olarak iki yeni üye ülkeden Romanya’ya Çok Dillilikten Sorumlu Komisyon Üyeliğinin verilmişti. Halbuki yürürlükte olan Nice Antlaşması’na göre Romanya ve Bulgaristan’ın Birliğe katılımıyla birlikte Komisyon’daki sandalye sayısının azaltılması gerekiyor. Avrupa Anayasası’nda ise Komisyon üyelerinin eşit şekilde dönüşümlü olarak göreve gelmesi öngörülüyor.