Avrupa Komisyonu, 1 Temmuz 2014 tarihinde Moldova ve beş Balkan ülkesi(Arnavutluk, Bosna-Hersek, Makedonya, Karadağ ve Sırbistan) ile Horizon 2020 Programı’na katılımlarını sağlayacak ortaklık anlaşmalarını imzaladı. Böylelikle bu ülkelerin araştırmacıları, şirketleri ve araştırma kurumları da AB üye ve diğer katılımcı ülkelerle eşit koşular altında Horizon 2020 Programı’na katılma imkânını elde etmiş bulunuyorlar. Bu anlaşmalar, Horizon 2020 Programı’nın yedi ay önce yürürlüğe girmesinden sonra imzalanmış olmasına rağmen, Avrupa Komisyonu, söz konusu ülkelerin geriye dönük olarak fon imkânlarından faydalanabileceklerini açıkladılar.
Avrupa Komisyonu’nun Araştırma, Yenilikçilik ve Bilimden Sorumlu Üyesi, Marie Geoghegan-Quinn söz konusu ülkelerin Horizon 2020 Programı’na katılarak Avrupa Araştırma Alanı’na entegrasyonlarını daha kolay sağlayabileceklerini ifade etti.